刘锦棠一面假意安排接纳两千多回民军，做出践约的样子麻痹回军，一面派人火速请示左宗棠如何处置。没过多久，信使带来了左宗棠的命令：杀！

月日夜，清军悄悄包围了回民军的营地。一声枪响，众清军一拥而入，对手无寸铁的回民军展开了残酷的屠杀。惨叫声划破了铁一般的宁静。屠杀一直持续到天明才停止，鲜血染红了金积堡的每一寸土地。

镇压了金积堡的回民军，左宗棠下令清军就地休整。一年以后，恢复元气的清军，又在刘锦棠的率领下，对西宁回民军发起强攻。两个月后，清军进驻西宁。年（同治十二年）月底，刘锦棠进逼肃州。他故技重演，先围城数日，待守城回军弹尽粮绝后，利用义军降将喊话诱降。守城回军首领马文禄轻信上当开城投降。紧接着，又是一场惨烈的屠杀。至此，陕甘回民起义被完全镇压下去。

左宗棠和刘锦棠用回民军广大战士的鲜血染红了自己的顶戴。不久，左宗棠又被任命为钦差大臣，督办西北军务，刘锦棠则被擢升为甘肃西宁道。西北回民武装抗清运动从此陷入了低潮。

新疆之战

年（清同治三年），早有分裂野心的新疆封建主金相印与中亚浩罕汗国相勾结，在新疆南部分土割据。浩罕摄政王派遣帕夏（军事头目）阿古柏于次年侵入新疆。几年间，阿古柏完全掌握了南疆的统治权，建立了所谓的“哲德沙尔汗国”，自称“毕条勒特汗”，并将势力扩张到了天山以北的乌鲁木齐玛纳斯等地，在各城开征地税，还命令回、汉人民一律遵照中亚安集延（今吉尔吉斯境内）的风俗习惯，“光顶圆领”，剪去辫发，改变服饰装束，妄图把新疆从中国版图中完全分裂出去。在对内残酷奴役各族人民的同时，他还向英、俄大肆出卖新疆权益，以求取列强对他的“承认”和支持。

年月（同治十年五月），野心勃勃的沙皇俄国并不满足于间接侵略，悍然派兵入侵，强占了新疆西北的伊犁地区，为其鲸吞整个新疆夺取了一个重要的桥头堡。新疆形势危在旦夕！

此时，年近六旬、已准备告病还乡颐养天年的左宗棠，看到沙俄“窥我西陲，蓄谋既久，发机又速，不能不急为之多”，便毫不犹豫地表示，“今既有此变，西顾正殷，断难遽萌退志，当与此虏周旋”。于是他挺身而出，要“引边荒艰巨为己任”，以花甲之年率兵西向，规复大好河山。

可是，在要不要出兵收复新疆这个问题上，腐朽的清朝政府却一直举棋不定。当时日本正侵犯台湾，东南海疆频频告急。以李鸿章为代表的“海防”论者，公开提出停兵撤饷，暂罢西征，说什么“新疆不复，于肢体之元气无伤”。对此，左宗棠据理力争。他从全局出发，主张海防与塞防并重，指出新疆是我国西北屏障，一旦放弃，必将导致“我退寸而寇进尺”，后患无穷。